Unissula senantiasa mendorong berbagai kegiatan ekstra kurikuler maupun organisasi mahasiswa lainnya guna meningkatkan jiwa leadership, sportivitas, kreatifitas, adaptif, dll. Berikut organisasi kemahasiswaan yang ada di Unissula
- BEM-PT & SM-PT : Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM) adalah organisasi mahasiswa yang merupakan ujung tombak dalam menjalankan tata organisasi kegiatan mahasiswa di kampus serta mendengarkan dan menyampaikan aspirasi mahasiswa. Senat Mahasiswa Perguruan Tinggi (SM PT) adalah organisasi mahasiswa yang bertugas mengawasi jalanya kerja organisasi BEM-PT sebagai fungsi kontrol.
- Himpunan Mahasiswa Jurusan (HMJ) : HMJ adalah Organisasi mahasiswa dalam lingkup Jurusan. Prodi D3 Kebidanan UNISSULA melakukan pelatihan keorganisasian bagi mahasiswa jurusan melalui organisasi ini.
- UKM ANNISA : Unit Kegiatan Mahasiswa Annisa adalah organisasi mahasiswa yang bergerak di bidang dakwah. Sesuai dengan namanya semua anggotanya merupakan mahasiswa putri. Kegiatan utamanya meliputi dakwah dan kajian, serta sosilaisasi tentang fiqih wanita.
- UKM MAPALA ARGAJALADRI : Unit Kegiatan Mahasiswa Pecinta Alam Argajaladri adalah organisasi mahasiswa yang bergerak di bidang petualangan alam terbuka dan pelestarian linkungan hidup, jenis aktivitas meliputi pendakian gunung (mountainering), pemanjatan tebing/dinding (wall climbing), penelusuran gua (caving), arung jeram (rafting), penyelaman (diving), dan penghijauan.
- UKM BOXER TARUNG DRAJAT : Unit Kegiatan Mahasiswa Boxer Tarung Drajat adalah organisasi mahasiswa yang bergerak di bidang olah raga bela diri tinju bebas, kegiatannya meliputi pelatiahan rutin dan demonstrasi akrobatik.
- UKM KSB – Es.A : Unit Kegiatan Mahasiswa Kelompok Seni Budaya Sultan Agung (KSB Es.A) adalah organisasi mahasiswa yang bergerak di bidang kesenian dan budaya, kegiatanya meliputi seni tari, seni gambar / lukis, musik, pementasan teater dan seni tradisional yang lain.
- UKM LKM – SA : Unit Kegiatan Mahasiswa Lembaga Kaderisasi Mahasiswa Sultan Agung (LKM-SA) adalah organisasi sosial kepemudaan yang berfokus pada pendidikan dan pelatihan kaderisasi mahasiswa.
- UKM MENWA (RESIMEN MAHASISWA) : Unit Kegiatan Mahasiswa Komando Resimen Hahasiswa Mahadipa (Menwa) adalah organisasi mahasiswa yang bergerak di bidang paramiliter atau semi militer di dalam lingkungan kampus.
- UKM GEMPPA : Unit Kegiatan Mahasiswa Gerakan Pencegah Penyalahgunaan Narkoba (Gemppa) adalah organisasi mahasiswa yang perduli terhadap maraknya penyalahgunaan narkoba oleh para pemuda khususnya para mahasiswa, kegiatannya meliputi sosialisasi efek penyalahgunaan narkoba, pencegahan narkoba masuk kampus, dan seminar-seminar yang berkaitan tentang pemuda dan narkoba.
- UKM PRAMUKA : Unit Kegiatan Mahasiswa Racana Universitas Islam Sultan Agung adalah organisasi mahasiswa tentang kepramukaan di tingkat universitas sebagai wadah para mahasiswa yang ingin tetap aktif sebagai pramuka di lingkungan universitas, kegiatanya meliputi kemah bakti, sosialisasi tentang kepramukaan, dan melakukan pembinaan kepada gudep – gudep pramuka di tingkat sekolah menengah.
- UKM BOLA BASKET : Unit Kegiatan Mahasiswa Bola Basket adalah organisasi mahasiswa dalam bidang olahraga yang memfokuskan dalam cabang olahraga bola basket sekaligus sebagai ajang berkumpulnya mahasiswa yang menyukai olahraga tersebut.
- UKM UPI : Unit Kegiatan Mahasiswa Pengamalan Islam (UPI) adalah organisasi mahasiswa dalam bidang dakwah dan pengamalan ajaran Islam dan kesenian Islam, kegiatanya meliputi kajian keilmuan, seminar dan diskusi, rebana dan kegiatan dakwah lainnya.
- UKM SAEC : Unit Kegiatan Mahasiswa Sultan Agung English Club (SAEC) adalah organisasi mahasiswa tempat berkumpulnya para mahasiswa yang menyukai dan menekuni bahasa Inggris, kegiatanya meliputi English debate, English theatrical, dll
- UKM KSR – PMI : Unit Kegiatan Mahasiswa Korps Sukarela – Palang Merah Indonesia (KSR-PMI) adalah organisasi mahasiswa yang bergerak di bidang sosial kemanusiaan khususnya dalam bidang medis yang kegiatanya meliputi, penyelenggaraan donor darah sukarela di kampus, sosialisasi tentang hidup sehat, penggalangan dana ketika ada musibah, ikut membantu terjun langsung menolong korban ketika ada musibah dan melakukan kegiatan sosial lainya
- UKM PENCAK SILAT PSHT : Unit Kegiatan Mahasiswa Pencak Silat Setia Hati Teratai (PSHT) adalah organisasi mahasiswa yang bergerak dalam bidang olahraga bela diri tradisional Indonesia yaitu pencak silat, kegiatanya meliputi latihan rutin, kenaikan sabuk, dan mengikuti beberapa event perlombaan pencak silat.
- UKM RUMAH PENA : Unit Kegiatan Mahasiswa Rumah Pena adalah organisasi mahasisa di bidang penulisan baik untuk sastra dan jurnalistik, kegiatanya meliputi pelatihan menulis, pameran buku, kajian buku, dll.
- UKM KLIK MEDIA : Unit Kegiatan Mahasiswa Klik Media adalah organisasi mahasiswa dalam bidang multimedia yang memberikan wadah kepada mahasiswa yang menyukai dan memiliki minat di bidang multimedia seperti photografi, desain grafis, animasi, vidiografi dan broadcasting.
- UKM LPM : Unit Kegiatan Mahasiswa Lembaga Pers Mahasiswa “Tilawah” (LPM) adalah organisasi mahasiswa yang bergerak di bidang pers dan jurnalistik.
- UKM TAE KWON DO : Unit Kegiatan Mahasiwa Tae Kwon Do adalah organisasi mahasiswa yang bergerak di bidang olahraga bela diri tae kwon do, yaitu olahraga bela diri yang berasal dari Korea selatan yang lebih menitik beratkan pada kemampuan pukulan dan tendangan, kegiatanya meliputi latihan rutin, kenaikan sabuk, dan pagelaran akrobatik.
- UKM UKKI : Unit Kegiatan Mahasiswa Kegiatan Kerohanian Islam adalah organisasi yang bergerak di bidang dakwah dan kajian Islam.